Sono passati due anni da quando il mite Peter Parker ha deciso di allontanarsi dalla ragazza che ama da sempre per assumersi la responsabilità di essere Spider-man. Peter è molto innamorato di Mary Jane al punto che è stato più volte tentato di abbandonare la sua vita segreta e dichiararle il suo amore. Nel frattempo lei ha cambiato vita ed ha un nuovo fidanzato. L'amicizia di Peter con Harry Osborn è nafraugata per la sete di vendetta di Harry che ritiene l'Uomo Ragno responsabile della morte del padre. Come se non bastasse Peter dovrà scontrarsi con l'agguerrito Doctor Otto Octavius meglio noto come Doc Ock.